使用发酵不彻底的鸡粪后，将手插入土壤，会感土壤觉温度较高。严重的成片或者满棚死亡，贻误农时，损失工费和种苗投资。

尤其是冬春施用鸡粪安全隐患最大，因为此时大棚内温度高，鸡粪发酵会散发大量热量，导致烧根现象；果园冬春两季使用鸡粪，正值根系休眠前后，一旦烧根，将影响养分积累和来年开花结果。

连年使用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每6方鸡粪含盐分30-40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不开个等减产现象，显著制约了作物产量和质量的提高。

因此造成了肥料利用率直线下降，一年不如一年，增加了投入成本50-100%。

由于鸡粪pH值约在4左右，属于极酸性，会酸化土壤，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，给鸡粪携带的大量病毒病菌、土传性带病细菌、病毒提供了入口和侵染机会，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。

使用发酵不彻底鸡粪，极易造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡；病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病成为使用鸡粪最明显的后遗症。

鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。

线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。

鸡饲养过程中，饲料中国含有大量激素，防治病害也会使用抗生素，这些都会通过鸡粪带入土壤，影响从农产品安全。